L'isola si estende per 9,5 km² dei quali solo una piccola parte è abitata, è di natura vulcanica, la sua parte sommitale è costituita dal monte "Fossa Felci" che è alto 774 metri sul livello del mare ed è, un vulcano spento. Le meravigliose coste sono in alcuni punti a strapiombo sul mare mentre in altri caratterizzate da spiagge pianeggianti come a Capo Graziano. Imponenti scogli di natura eruttiva si ergono dal mare come faraglioni, il più famoso dei quali "La Canna" è meta immancabile di ogni giro dell'isola via mare.
Sono altresì presenti numerose grotte, la piu' famosa delle quali è la grotta del Bue Marino, dal fondale blu cristallino. Le coste di Filicudi sono una meraviglia della natura, e valgono la pena di essere ammirate anche dal turista più frettoloso. Numerose sono le insenature e le baie, ricche di anfratti dove l'acqua cristallina lambisce la nera roccia lavica che si tuffa nel mare e prosegue sott'acqua creando percorsi tortuosi e vallate sottomarine di rara bellezza, che si offrono anche al sub occasionale senza costringerlo ad immersioni profonde per ammirare lo spettacolo della natura e della vita sottomarina.
La natura vulcanica e l'erosione degli agenti atmosferici e marini ha creato monumenti geologici mozzafiato, come la grotta del Maccatore, la porta lavica nel mare denominata "perciato" a Siccagni,e la famosa grotta del Bue Marino (dove viveva non troppi decenni orsono una colonia di leoni marini). L'atrio della grotta dischiude una cavità molto vasta, il fondale è illuminato dalla luce solare che riflessa e rifratta crea cristallini giochi di viva luce azzurrina, che rendono il luogo meta obbligata per ogni giro dell'isola in barca. Ad ovest dell'isola di Filicudi affiorano gli scogli di Montenassari, del Mitra, del Notaio e sopratutto quello della Canna, alto circa 74 metri, circondato esclusivamente dal mare, e habitat naturale di una lucertola endemica che vive solo li e li si è evoluta autonomamente.
A nord ovest dell'isola, molto vicino alla costa, si trova lo scoglio detto "il giafante". In quel punto la costa e' molto frastagliata e ricca di insenature e baiette meravigliose dove fare il bagno. Il fondale e' basso, limpido e cangiante tra il verde ed il blu.
Filicudi, dal punto di vista paleontologico, è notevole la penisola di Capo Graziano a sud est dell'isola, in quanto sede di vari e vasti abitati preistorici risalenti principalmente al Neolitico e poi all'età del bronzo. Un primo abitato molto vasto, ma del quale sono state scavate finora solo poche capanne ovali, si estende sul Piano del Porto sulla costa meridionale dell'istmo che congiunge la Montagnola al Capo Graziano in località Filo Braccio e nei pressi della diruta Casa Lopez (può essere attribuito ai secoli XVIII-XVII a.C.).
Un altro abitato più vasto, con datazione successiva al precedente, si trova sull'altura della Montagnola di Capo Graziano (E' indicato dai cartelli turistici come "Villaggio Preistorico", e si raggiunge facilmente a piedi dal porto). L’archeologia marina, in diverse campagne di ricerche più o meno sistematiche, ha recuperato, da almeno nove diversi relitti di navi naufragate presso l’insidioso capo Graziano, un’anforetta micenea del secolo XV a.C., gruppi di anfore diversamente databili dal secolo IV a.C. fino all’età tardoimperiale e cannoni di bronzo da una nave da guerra del secolo XVII-XVIII d.C. Il materiale proveniente dagli scavi e dai recuperi marini è esposto al Museo di Lipari.
